Pada masa pemerintahan kolonial Belanda, terdapat sebuah perkebunan yang dikelola oleh Perusahaan Perkebunan Nusantara (PPN) dengan wilayah yang mencakup dua desa, yaitu Desa Pondok Kelapa dan Desa Bukaan. Pada masa itu, pemerintahan desa dipimpin oleh Administratur Kebun yang menjalankan fungsi yang saat ini setara dengan Geuchik.

Seiring dengan pesatnya pertumbuhan penduduk dan meningkatnya peluang kerja di sektor perkebunan, wilayah Desa Bukaan kemudian berkembang dan memisahkan diri menjadi desa yang berdiri sendiri. Desa tersebut selanjutnya dikenal dengan nama Desa Pondok Kelapa, yang hingga saat ini disebut Gampong Pondok Kelapa.

Nama Gampong Pondok Kelapa berasal dari kebijakan manajemen perkebunan pada masa itu yang memberikan satu pohon kelapa kepada setiap kepala keluarga untuk ditanam di pekarangan rumah masing-masing. Banyaknya pohon kelapa yang tumbuh di setiap rumah kemudian menjadi ciri khas wilayah tersebut, sehingga masyarakat menamainya Gampong Pondok Kelapa.